BioWorks 3.3軟件

見描述

BioWorks3.3.1是一款最新發(fā)行的，用于蛋白質(zhì)成分識別和定量分析的工業(yè)化標(biāo)準(zhǔn)軟件。其特點(diǎn)是它應(yīng)用了一種在科學(xué)文獻(xiàn)中最常被使用的尋找蛋白質(zhì)的算法，即SEQUEST查找算法。

BioWorks簡化了與ETD數(shù)據(jù)的結(jié)合使用，提高了軟件性能。BioWorks3.3.1現(xiàn)在包括：n  為快速方便地查找到ETD數(shù)據(jù)而采用了ETD預(yù)處理n  引入Mascot數(shù)據(jù)，并把SEQUEST和Mascot兩種數(shù)據(jù)結(jié)果作比較n 為定量分析做PepQuann  SEQUEST中采用基于概率判定得分的算法n  更多的查找前及查找后篩選程序n 匯報(bào)功能增強(qiáng)

SEQUEST是一種靈敏度非常高的查找算法，它能夠確保在查找過程中沒有重要的蛋白質(zhì)成分被遺漏。通過把實(shí)驗(yàn)得到的串連質(zhì)譜（MS/MS）數(shù)據(jù)與標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)和DNA數(shù)據(jù)作比較，SEQUEST自動地識別出各種蛋白質(zhì)。SEQUEST根據(jù)被分析的多肽的質(zhì)譜信息，測定出氨基酸序列，從而確定蛋白質(zhì)的組成。對蛋白質(zhì)混合物的某單個(gè)譜圖，以及多肽的整幅LC/MS/MS液相質(zhì)譜圖，SEQUEST都能夠自動地分析。SEQUEST獨(dú)有的“互相關(guān)”鑒別算法能夠提取有用信息，正確地識別蛋白質(zhì)，即使物質(zhì)的濃度很低產(chǎn)生的信號很微弱也可以。這一點(diǎn)在蛋白質(zhì)樣品量少而信噪比又低的時(shí)候非常有用。SEQUEST是為在由LTQ Orbitrap和LTQ FT組合系統(tǒng)中對多肽和蛋白質(zhì)進(jìn)行精確的質(zhì)譜分析而設(shè)計(jì)的。BioWorks3.3.1中的SEQUEST具有準(zhǔn)確的預(yù)報(bào)功能和精確的質(zhì)量誤差極限，能夠更快更準(zhǔn)確地測定多肽的組成，可靠性也更高。    

我們這種基于概率判定得分的算法更嚴(yán)謹(jǐn)，靈敏度高于所有傳統(tǒng)的SEQUEST。該算法也使得BioWorks能區(qū)分和排序SEQUEST采樣結(jié)果，使用者不用擔(dān)心假陽性結(jié)果的產(chǎn)生，可以靈活地獲取得到的所有結(jié)果。       

BioWorks3.3.1是特別為使用了ETD的Thermo Scientific LTQ XL設(shè)計(jì)的。由于BioWorks擁有ETD前處理功能，用戶們可以處理由不同蛋白酶產(chǎn)生的多肽，同時(shí)確信SEQUEST能夠快速，簡單，可靠地處理數(shù)據(jù)。       

BioWorks3.3.1還支持用戶在一輪SEQUEST查找結(jié)束后，把Mascot結(jié)果輸入到BioWorks表格。這樣可以方便用戶比較這兩種查找算法的結(jié)果，也很容易輸出數(shù)據(jù)。         PepQuan是BioWorks定量分析的特色模塊。在對各種蛋白質(zhì)和多肽的豐度做快速的半定量分析時(shí)，PepQuan結(jié)合PQD或HCD可以進(jìn)行iTRAQ分析，還可進(jìn)行SILAC分析，ICAT分析以及面積/高度計(jì)算。其中，基于質(zhì)譜的算法與Xcalibur軟件中的ICIS峰查找功能結(jié)合了起來。BioWorks3.3.1中的Quan View還能夠更好地查看和輸出定量分析的結(jié)果。

BioWorks3.3.1支持用戶創(chuàng)建一個(gè)統(tǒng)一格式的查找結(jié)果文件(.SRF)，但用戶也可以選擇傳統(tǒng)的SEQUEST DTA 和 OUT文件格式。新的SRF文件是一種獨(dú)立的二進(jìn)制文件，所有信息可以都儲存于一個(gè)獨(dú)立的文件，從而簡化并加快了數(shù)據(jù)的存取。這種文件格式，再加上軟件里的其他一些更新，使得SEQUEST的運(yùn)行速度顯著加快。

BioWorks3.3.1的結(jié)果排布使用戶能夠更詳細(xì)地查看對蛋白質(zhì)和多肽的分析結(jié)果。軟件具有從列表中篩選，分類，合并以及刪除蛋白質(zhì)的功能，互動性更強(qiáng)。篩選功能包括查找前篩選和查找后篩選。查找前篩選可以去除查找過程中不需要的譜圖，當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)和多肽數(shù)量多時(shí)減少查找時(shí)間，而查找后篩選可以讓使用者只關(guān)注自己感興趣的蛋白質(zhì)。Display Ions的功能也被改進(jìn)，具有更好的清晰度和縮放性。

BioWorks不僅能對單個(gè)SEQUEST查找結(jié)果做出SEQUEST 摘要，還能在查看多個(gè)SEQUEST查找結(jié)果時(shí)給出MultiConsensus報(bào)告，或者在比較兩種不同查找方法的差異時(shí)給出液相運(yùn)行和蛋白質(zhì)概況比較。             BioWorks3.3.1設(shè)計(jì)了更加簡便的數(shù)據(jù)輸出和記錄模式。BioWorks里的譜圖和表格能夠快速簡便地轉(zhuǎn)移到Microsoft Office文件里面，方便用戶提交報(bào)告，投入應(yīng)用和其他交流。BioWorks3.3.1里的Protein Report，可從查找結(jié)果中輕松地打印數(shù)據(jù)，還可把適當(dāng)?shù)男畔?chuàng)建為一個(gè)PDF文檔。從屏幕上獲取數(shù)據(jù)并輸入進(jìn)一個(gè)文檔，這件事從來沒有如此的簡單過。

BioWorks3.3.1軟件還具有下列特點(diǎn)：n 與HUPO MzData格式兼容n 準(zhǔn)確的質(zhì)譜SEQUEST查找功能具有新特點(diǎn)n 數(shù)據(jù)庫反向查找n 蛋白質(zhì)和多肽比較功能n 優(yōu)化的SEQUEST批量查找n 還有更多…