水是微生物廣泛分布的天然環(huán)境，無(wú)論是地表水還是地下水，甚至雨水或雪水，都含有多種微生物。根據(jù)細(xì)菌對(duì)氧的需求情況，可分為三大類：厭氧菌、兼性厭氧菌、好氧菌。當(dāng)水體受到人、畜糞便、生活污水或某些工業(yè)廢水污染時(shí)，水中厭氧菌和兼性厭氧菌等微生物的數(shù)量可大增。因此，水的細(xì)菌學(xué)測(cè)定，特別是腸道細(xì)菌的檢驗(yàn)，在環(huán)境質(zhì)量評(píng)價(jià)、環(huán)境衛(wèi)生監(jiān)督等方面具有重要的意義。但是直接檢查水中各種病原微生物，方法較為復(fù)雜，有的難度大，而且檢查結(jié)果為陰性也不能保證絕對(duì)安全。所以，在實(shí)際工作中經(jīng)常以檢查水的細(xì)菌總數(shù)，特別是檢查作為糞便污染的指示菌，來(lái)間接判斷水體污染狀況和環(huán)境衛(wèi)生學(xué)質(zhì)量。

　　水中含有細(xì)菌總數(shù)與水污染狀況有一定的關(guān)系，但是不能直接說(shuō)明是否有病原微生物存在。糞便污染指示菌一般是指如有該指示菌存在于水體中，即表示水體曾有過(guò)糞便污染，也就有可能存在腸道病原微生物。那么該水質(zhì)在衛(wèi)生學(xué)上是不安全的。

　　常用的指示菌或其它指示微生物有：總大腸菌群、糞大腸菌群、糞鏈球菌、產(chǎn)氣莢膜梭菌、雙歧桿菌屬、腸道病毒、大腸桿菌噬菌體、沙門氏菌屬、志賀氏菌屬、銅綠假單胞菌、葡萄球菌屬、副溶血弧菌等。此外，還有水生的真菌、放線菌和線蟲(chóng)。

　水循環(huán)是大自然非常重要的循環(huán)，但是水中所含的細(xì)菌數(shù)量是需要有規(guī)定的。

　　水中細(xì)菌總數(shù)可作為評(píng)價(jià)水質(zhì)清潔程度和考核給水凈化效果的指標(biāo)之一。水中所含有的細(xì)菌，來(lái)源于空氣、土壤、污水、垃圾和動(dòng)植物的尸體，所以水中細(xì)菌的種類是多種多樣的，其中包括病原菌。通過(guò)水傳播的疾病有痢疾、傷寒、肝炎和急性腸胃炎等。被污染了的水源水細(xì)菌總數(shù)每毫升可達(dá)幾十萬(wàn)個(gè)，甚至更多。這就需要水質(zhì)監(jiān)測(cè)。原水經(jīng)過(guò)凈化消毒后，病原菌被殺滅，普通細(xì)菌也明顯減少了。一般認(rèn)為飲用水中每毫升不超過(guò)l00個(gè)，水質(zhì)亦良好。生活飲用水標(biāo)準(zhǔn)中規(guī)定細(xì)菌總數(shù)不得超過(guò)100個(gè)/mL。